Die Hephata Diakonie ist ein diakonisches Unternehmen in der Rechtsform eines gemeinnützigen Vereins.

Drei Gremien leiten die Geschicke des Unternehmens:
Das sind Vorstand, Mitgliederversammlung und Aufsichtsrat.

Der Vorstand besteht aus zwei Mitgliedern, denen die sechs Geschäftsbereiche zugeordnet sind. Die sechs Geschäftsbereiche sind die Hauptaufgabenbereiche der Hephata Diakonie.
Sie heißen: Akademie für soziale Berufe, Soziale Teilhabe, Förderschule, Jugendhilfe, Klinik und Soziale Rehabilitation.

Zudem sind sieben Zentralbereiche für die geschäftsbereichsübergreifenden Prozesse zuständig.
Die sieben Zentralbereiche heißen: Bau und Technik, Controlling/Organisation und IT, Gesundheit und Therapie, Öffentlichkeitsarbeit, Personal, Verwaltung sowie Wirtschaft und Versorgung.
Die Integrative Kindertagesstätte der Hephata Diakonie nimmt eine besondere Position innerhalb des Zentralbereichs Personal ein.

An unserem diakonischen Auftrag wirken auch die Diakonische Gemeinschaft und die Kirchengemeinde Hephata mit. Die Mitarbeitervertretung (MAV) und die Personal- und Sozialberatung sind weitere wichtige Eckpfeiler unserer Organisation. 

Diese Gremien und Bereiche bekommen Unterstützung von sieben Gruppen der Selbstbestimmung. Das sind Gruppen aus den drei größten Geschäftsbereichen Hephatas, in denen Klienten sich für andere Klienten einsetzen. Die Gruppen der Selbstbestimmung sind ein wesentlicher Teil von Inklusion und Teilhabe.